חיטוי מאגרי מים הוא תהליך חיוני להבטחת איכות המים שאנו שותים ומשתמשים בהם. מאגרי מים הם מקורות מצטברים של מים, אשר יכולים להיות פגיעים לזיהום על ידי חיידקים, וירוסים, ומזהמים אחרים. חיטוי המאגרים הוא צעד קרדינלי למניעת התפשטות מחלות זיהומיות, והבאת מים בטוחים לשימוש הציבור.
ישנן מספר שיטות לחיטוי מאגרי מים. אחת השיטות הנפוצה ביותר היא הוספת כלור, אשר מדבירה חיידקים ומפחיתה את הסיכון למחלות. כלור יכול להיעשות בצורה של טבליות או נוזל, והוא מאפשר חיטוי אפקטיבי יחסית. בנוסף, קיימת שיטת חיטוי באמצעות UV, בה מקרינים את המים בעזרת קרני אור אולטרה סגול, מה שמונע את יכולת ההתרבות של פתוגנים.
חיטוי מאגרי מים אינו מוגבל רק לשיטות הכימיות. ישנן טכנולוגיות מתקדמות כמו חיטוי